Halo toma lugar en un universo de ciencia ficción creado por Bungie Studios exclusivamente para el juego. Según la historia, la sobrepoblación de la Tierra y la realización de viajes más rápidos que la velocidad de la luz causaron que la raza humana colonizara otros planetas. Clave de estos esfuerzos fue el planeta Reach, un campo naval interestelar responsable de la construcción de naves espaciales, y de gran actividad científica y militar. Un experimento secreto de los militares, llamado proyecto SPARTAN, fue establecido en Reach para crear un ejército cyborgs ‘súper soldados’. Treinta y dos años antes del comienzo del juego, una colectividad de razas alienígenas tecnológicamente avanzadas, el Covenant, comenzó a atacar establecimientos humanos. Declararon a la humanidad como una afrenta contra los dioses, y de ahí en más, el Covenant lanzó una guerra santa sobre la raza humana. El Comando Espacial de las Naciones Unidas experimentó una serie de derrotas devastadoras, y, aunque los súper soldados del proyecto SPARTAN II lucharon muy bien contra el Covenant, no fueron capaces de evitar los horrores de la guerra.